耶鲁人文教育的目标之一是培养学生的人文情怀—— 一种探索人生真谛的理性态度，即关怀人生价值的实现、人的自由与平等以及人与社会、自然之间的和谐等。因而在耶鲁的校徽上，书写着“光明与真知”几个字，那就是继承欧洲人文科学传统，为教会，更具体地说是为公理、为民众培养的神职人员——在耶鲁1701年的宪章上写道：教育的目的是使年轻人“能为教会和公共事业服务”。现任校长理查德·莱文也说：“让青年学生们用自己在学术、艺术等专业上的成就为社会做出贡献，为人类生存条件的改善而工作。”

正如理查德·莱文校长所说：“教育人们服务于社会并不意味着教育必须集中于掌握实用性的技能。耶鲁追求为学生提供一个宽广、自由的教育世界观，而非狭窄的、限制的职业性教育，使他们更具有领导才能和服务意识。耶鲁大学同时也是相互尊重学习的社区，并且珍视自由的表达和对世间万物的探寻。在这个社区中人们的互动模式同样服务于社会。” 

耶鲁最重要的管理特色是“教授治校”，这一特色对美国高等教育界产生了巨大影响。建校初期，经过3代校长的努力，耶鲁逐渐形成了董事会不具体参与校务管理、而由教授会治校的法规。在当时的美国流传着这样一句话：“普林斯顿董事掌权、哈佛校长当家、耶鲁教授做主”。

300多年来，耶鲁人一直为能够坚持独立精神，不向外来的政治压力、物质利诱妥协而自豪——18世纪中叶，托马斯·克莱普任院长期间，坚持耶鲁是贵族私立学校，并十分强调大学的独立。为此，他采取一切可能的方式对地方政府的干涉进行抵制，直至诉诸法律。至20世纪60年代越战期间，美国政府下令：凡是自称以道德或宗教理由反战的学生一律不准得到奖学金的资助。当时美国诸多名校全都遵照政府的指示行事。唯独耶鲁坚守学术独立的一贯作风，仍继续以申请者的成绩为考虑奖学金的唯一原则，完全漠视政府的规定。结果，耶鲁因此失去了来自联邦政府的一大笔基金，经济上几度陷入困境，但其信念依然不变。现任校长理查德·莱文亦曾因捐款人对耶鲁所设课程及其教授聘任提出附加要求，而毫不犹豫地拒绝了2000万美元的捐赠。

即使在前任总统布什被邀请回母校接受一个荣誉法律博士学位时，耶鲁的教授与学生也公开表示了自己的反对意见：那是2001年5月21日，传统的毕业日当天，当校长宣布授予布什荣誉法律博士学位时，学生们报以笑声、嘘声和哨声，一些应届毕业生还打出一条大横幅写道：“我们赢得了自己的学位，不要使我们的学位跌价”，他们还手持标语牌谴责布什政府在环境、死刑以及堕胎等问题上的政策。更有大约200名教授集体签字拒绝出席毕业典礼，认为无论是布什还是校方这样做纯粹是为了沽名钓誉，因为按照布什当年在学校时候的表现和成绩，他根本没有资格接受那样一个荣誉称号。

加州大学前校长田长霖教授曾经说：“在美国，大家有一种认识，哪一个学校的教授力量大，哪一个学校将来就会成为最著名的学校。”教授治校不仅被伯克利奉为圭臬，也同样是耶鲁300多年来所尊奉的。